fa مقایسه چهار روش استخراج DNA از باکتری‌های گرم منفی و گرم مثبت تخصصي Special پژوهشي Research <b><font size="3"> چکیده </font></b><div style="direction: rtl"><font size="3"><b> زمینه و هدف:</b> استخراج DNA، اولین مرحله در اجرای تحقیقات مهندسی ژنتیک می‌باشد و بدست آوردن پروتکل مناسب برای تهیه یک DNA خالص، اهمیت بسزایی در تحقیقات مهندسی ژنتیک دارد؛ به همین دلیل برای آن روش‌های گوناگونی ارائه شده است. در تحقیق حاضر، چهار روش مختلف استخراج DNA از باکتری‌های گرم منفی و گرم مثبت از لحاظ کارایی هر کدام از روش‌ها و مقایسه آن‌ها با یکدیگر، مورد بررسی و آزمون قرار گرفته است. هدف این مقاله، دستیابی به روشی سریع‌تر و کم هزینه تر استخراج DNA ژنومی برای باکتری‌های گرم مثبت و گرم منفی است. </font></div><div style="direction: rtl"><font size="3"><b>روش بررسی:</b> در این مطالعه، از باکتری‌های استافیلوکوکوس اورئوس و ویبریوکلرا سوسپانسیون های باکتری، معادل کدورت نیم مک فالند تهیه شد. سپس به چهار روش: کیت تجاری، جوشاندن، فنل کلروفرم و روش دترجنت رختشویی، DNA استخراج و هرکدام از روش‌ها در قالب طرح کامل تصادفی سه بار تکرار شد. غلظت‌های نمونه های استخراج شده با استفاده از دستگاه نانودراپ و ژل الکتروفورز اندازه گیری شد. در ادامه، جهت بررسی کارایی DNA استخراج شده در انجام فرایند های پایین دستی، تست‌های PCR , REP PCR و ERIC PCR اختصاصی برای باکتری‌های نام برده انجام شد. </font></div><div style="direction: rtl"><font size="3"><b>یافته‌ها:</b> بررسی غلظت DNA های استخراج شده، نشان دهنده تفاوت چشمگیر میان باکتری‌های گرم مثبت و گرم منفی بود؛ همچنین تجزیه واریانس، تفاوت معنی داری بین این چهار روش نشان داد. انجام فرایندهای پایین دستی نشان داد: همه روش‌های نام برده به غیر از روش دترجنت رختشویی، برای انجام PCR در غلظت‌های معین مناسب می‌باشند؛ در روش REP PCR، DNA های استخراج شده به روش‌های جوشاندن، فنل-کلروفرم و کیت تجاری نتایج مورد انتظار را نشان دادند. روش ERIC PCR با DNA های استخراج شده در روش کیت تجاری باند‌های مورد نظر را نشان داد ولی در سایر روش‌ها هیچ باندی مشاهده نشد. </font></div><div style="direction: rtl"><font size="3"><b>بحث و نتیجه گیری:</b> از یافته های این تحقیق می‌توان نتیجه گرفت، با وجود حساسیت بیشتر پروتکل کیت تجاری سیناژن در مقایسه با سه روش دیگر، در مقابل، با توجه به زمان و هزینه کمتر و راندمان تقریباً مشابه دو روش فنول کلروفرم و جوشاندن خصوصاً روش جوشاندن، می‌توان از این روش برای استخراج DNA در باکتری‌های گرم منفی و مثبت استفاده کرد.</font></div> <font size="3" face="times new roman, times, serif"><b> Abstract</b></font><div><font size="3" face="times new roman, times, serif"><b>Background and Aim:</b> DNA extraction is the first step in the genetic engineering research and obtains a suitable protocol for the preparation of a purified DNA which is essential. In this context, many manual and kit methods were provided. The aim of this study is to achieve a faster and low cost method for DNA extraction of Gram-positive bacteria and gram-negative bacteria. We compared four DNA extraction methods, Kit extraction, phenol chloroform, using detergent laundry brand tag and boiling. </font></div><div><font size="3" face="times new roman, times, serif"><b>Materials and Methods:</b> In this study, bacterial suspensions of Staphylococcus aureus and Vibrio cholerae were produced similar to McFarland 0.5 turbidity. Bacterial DNA was extracted using four different methods and three times for each. Using spectrophotometer and gel electrophoresis were measured concentrations and quality of DNA extraction product accordingly. In order to evaluate the efficiency of DNA extraction method, PCR, ERIC PCR and REP-PCR were performed on some of housekeeping genes downstream regions. </font></div><div><font size="3" face="times new roman, times, serif"><b>Results:</b> The concentration of the extracted DNA and results of PCR, ERIC-PCR and REP-PCR were different between gram-positive and gram-negative bacteria significantly (P< 0.05). ERIC PCR and REP-PCR efficiency of the boiling and chloroform extraction methods was disrupted only in ERIC PCR. No deficiency was observed in Sinagen kit method. </font></div><div><font size="3" face="times new roman, times, serif"><b>Conclusions:</b> The findings of this study show that despite the availability and lower cost of manual methods, these methods can be substitute for kit method.</font></div> استخراج DNA باکتری, PCR,ERIC PCR ,REP PCR PCR, REP-PCR, ERIC PCR, Bacterial DNA extraction 9 16 http://zanko.muk.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-1-12&slc_lang=fa&sid=1 Babak Shahbazi بابک شهبازی 100319475328460059 100319475328460059 No Hanar Narenji هنار نارنجی hanar.narenji89@gmail.com 100319475328460060 100319475328460060 Yes